Nid yw gwir achos endometriosis yn hysbys. Mae yna lawer o astudiaethau sy'n awgrymu y gall y clefyd hwn gael ei achosi gan y canlynol:
- Mislif ôl-redol. Awgrymwyd y gall hyn ddigwydd pan fydd gwaed mislif a meinwe o'r groth yn mynd i mewn i'r ceudod peritoneaidd wrth lifo trwy'r tiwbiau Ffalopaidd. Gall hyn achosi i gelloedd endometriaidd dyfu y tu allan i'r groth.
- System imiwnedd wael. Nid yw'r rhesymeg y tu ôl i hyn yn eglur ond mae endometriosis yn glefyd llidiol. Mae astudiaethau wedi awgrymu y gallai hyn gyfrannu at ymateb imiwn anghytbwys.
- Cysylltiad genetig â mamau/chwiorydd/modrybedd sydd â'r clefyd.
Nid oes yr un o'r damcaniaethau hyn wedi'u cadarnhau ac mae achos endometriosis yn parhau i fod yn anhysbys.